慶應義塾の系属校であり、慶應義塾の中高一貫教育における中学校のひとつ。慶応義塾中等部などとは違い、男子校である。 普通部という名称は、かつて「大学部」設置の際、従来の課程を「普通部」と呼称したことが由来である。

卒業後は他の慶応義塾の併設中学校同様、慶應義塾高等学校、慶應義塾志木高等学校、慶應義塾湘南藤沢高等部、慶應義塾ニューヨーク学院高等部のいずれかに本人の希望に基づいて進学する。ただし、慶應義塾は推薦で高校・大学に進学できるが、普通部では、成績の平均がC未満になると留年候補生となる（高校受験はない）。留年は一年間のみ可能である。

学級活動は24人の少人数で行われる。
週34時間の授業時間があり、英語・数学・国語に多くの授業時間が割り振られている。
中学2年生より多彩な科目を持つ選択科目の授業が始まるが、内容はスポーツ、美術、芸術からより高度な数学や英会話、舞台鑑賞や農芸まで多岐にわたる。
理科にも独自のカリキュラム （理科実験レポートやフィールドノート等）が組まれており、特に、ほぼ毎週提出が義務付けられているA（物理）・B（生物）・C（物理・生物・化学）実験の3つの実験レポート作成は、日本の一般的な理科教育に比べ、非常に早い時期から本格的な書類作成を行わせている。